Milo Thatch è un giovane linguista sognatore che lavora come tuttofare all’Istituto di ricerca Smithsonian. Tra una pausa e l’altra, Milo conduce i suoi studi su Atlantide, l’ultimo degli imperi. Le sue indagini lo conducono ad individuare il possibile luogo dove sarebbe nascosto il “Diario del Vecchio Pastore”, un manoscritto vichingo che mostrerebbe una via per arrivare ad Atlantide, ma nessuno vuole finanziare il suo viaggio. Quando tutto sembra ormai perduto, un eccentrico miliardario amico di suo nonno, ritrova il vecchio manoscritto e decide di finanziare l’impresa. La spedizione per Atlantide è guidata dal comandante Lyle Rourke, lo stesso militare che ha ritrovato il diario, e da Helga, la sua aiutante. A bordo del sottomarino “Ulysses”, assieme ad una bizzarra squadra di strampalati compagni, Milo parte per quella che si prospetta la più grande avventura della sua vita. Dopo mille pericoli e un lungo tragitto, seguendo le indicazioni del diario il gruppo trova il mitico impero ancora in vita. Qui Milo conosce la “giovane” principessa Kida, che si scoprirà avere ben 8.800 anni di vita. Kida e Milo riusciranno a decifrare le scritte con la storia di Atlantide, scoprendo la vera natura del suo cuore… il “Cuore di Atlantide, l’ultimo Impero”.
